如果抗体间发生冲突或交叉反应就会影响整个实验的特异性，其中抗体来源所带来的兼容性就是交叉反应的一个因素。在技术人员与客户交流ELISA交叉反应的过程中，技术人员说道：“尽管现在购买源自指定动物的抗体越来越容易，我们仍有必要确认一下是否会产生交叉反应的问题。在用双抗夹心法进行ELISA检测时，检测用的二抗必须特异性针对检测一抗，而不能与捕获抗体起反应。如果检测用二抗与捕获抗体结合，实验特异性就会大打折扣。通常我们选用源自不同宿主的捕获抗体和检测一抗，来避免上述问题。

如今检测ELISA有许多途径，我们可以根据自己的偏好进行选择。一般ELISA检测的是酶促反应的可溶性产物，抗体上结合有相应的酶，而反应体系中添加有相应的底物。这种酶促反应生成具有特征性的颜色，可以通过分光光度计进行检测，碱性磷酸酶AP也是一种常用酶。酶可以结合在一抗上，也可以结合在二抗上，还可以使用链霉亲和素标记的酶与亲和素标记的一抗结合。此外ELISA的结果检测还包括放射性检测、荧光检测、化学发光或显色法检测等。

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