与直接原位PCR所不同的是，靶基因在扩增时不进行标记基团的掺入，而是标记一段与扩增片段互补的探针，在扩增结束后，应用此探针进行原位杂交。因此，此处主要介绍原位杂交，其余方法同原位PCR。实验材料
组织或细胞样品
试剂、试剂盒SSC硫酸葡聚糖甲酰胺脱脂奶粉Denhardt’s 液SDS变性的鲑鱼精DNARnaseDTT乙醇
实验步骤
一、预杂交
1. 试剂与配制
2×SSC
50%去离子甲酰胺：用4×SSC配制（v/v）
预杂交液：2×SSC，5%硫酸葡聚糖，50%甲酰胺，0.2%脱脂奶粉
2. 操作方法
（1）在进行完原位PCR扩增后，用2×SSC预浸经乙醇脱水、空气干燥的玻片，并简洗15 min；
（2） 用50%去离子甲酰胺37℃孵育15 min；
（3）加预杂交液20 μl/片，在杂交温度下孵育30 min～2 h。
二、杂交
1. 试剂与配制
杂交液：50%去离子甲酰胺，5×SSC，10%硫酸葡聚糖，5×Denhardt’s 液，2%SDS，10 mg/ml变性的鲑鱼精DNA
2. 操作方法
（1）弃预杂交液，加杂交液（含0.2～5 μg/ml探针）10～20 μl/片，覆盖经硅化的盖玻片，石蜡膜封片或橡皮泥封片；
（2）玻片置于湿盒中，42℃杂交12～18 h（过夜，但不能超过24 h）。
三、杂交后处理
1. 试剂与配制
2×SSC
Rnase（20 μg/ml）
50%去离子甲酰胺
10 mmol/L DTT
2. 操作方法
1. 杂交完毕，用2×SSC浸泡玻片数分钟，轻轻移去盖玻片，再用2×SSC洗玻片1～2 min；
2. 2×SSC（含20μg/ml RNase，适宜RNA探针，DNA探针可省略此步）中洗片30 min，37℃；
3. 2×SSC/50%去离子甲酰胺，42℃×10 min；
4. 1×SSC/50%去离子甲酰胺，37℃×30 min，2次；
5. 4×SSC/10 mmol/L DTT洗1 h；
6. 0.1×SSC洗2次，每次37℃×30 min；
7. PBS中洗10 min，即可进行显色，方法同上。
收起
注意事项
1. 如果检测mRNA，双链探针应变性处理，方法是95～100℃加热10 min后迅速置于冰中骤冷；
2. 以单链探针检测DNA时，DNA也需变性处理，将玻片置于70～80℃变性液（70%去离子甲酰胺，即甲酰胺/2×SSC，v/v）中10 min；
3. 用双链探针检测DNA时，可按上述方法变性处理。
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