集菌仪是通过定向蠕动加压原理，使供试品中微生物截留在滤器中的微孔滤膜0.22µm*47mm或0.45µm*47mm上，通过冲洗滤膜除去抑菌成分，然后把所需的培养基通过进样管道直接引入全封闭过滤集菌培养器中，放置在培养箱内进行无菌培养。
1、先取出我们配套使用的一次性培养器先检查包装是否完好无损，在无菌室内打开包装。
2、然后将一次性培养器逐个插放在不锈钢排液槽上（仪器上的几个小孔，每个孔安放一个培养皿即可）。
3、将一次性培养器的弹性软管装入集菌仪的蠕动泵头，集菌仪要求定位准确，软管走势顺畅。
4、打开待检供试品瓶（袋）的插针孔并做环形消毒，（若检测安瓶样品，先将安瓶颈部做环形消毒，然后再打开）将样品瓶（袋）定位。
5、拔去进样针管护套，针头和供试品瓶口过酒精灯火焰消毒，插入样品瓶中，开启智能集菌仪，将供试品瓶倒置，实施过滤集菌（应避免双芯针管进气滤膜被药液浸湿，影响进气；若样品为袋装不存在该问题）重复操作每个样品的过滤程序。
6、完成集菌后，集菌仪若样品具有抑菌作用或含防腐剂（按抑菌性样品的sop进行操作，下次提供菌性样品的sop）
7、启开已灭菌好的培养基瓶，将针头和培养基瓶口过酒精灯火焰消D，针头插入培养基瓶中。
8、摘下一次性培养器顶部空气滤器开口的胶塞，套在一次性培养器的底口上，用软管夹子依次开闭软管，开启集菌仪，将培养基泵注入培养器内。（先取两个夹子夹住弹性软管定位处的两根管子，先加入改良马丁培养基；再取另外一个夹子夹住另外一根管子，并用夹子夹闭与一次性培养器连接部的软管，留出5-6cm软管，剪除其余部分，并将开口端插在空气滤器的开口上。
9、分别按照药典规定的培养时间进行培养。
10、观察培养情况，若需取样分离培养，可将软管消毒，用无菌注射器插入软管抽取所需量做进一步检查。