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分享测序组装染色体技术

提供者:上海谷研实业有限公司   发布时间:2018/4/26 10:20:27  阅读次数:232次  进入该公司店铺

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“我们设计的这种方法靶向基因组,或者说是基因组保守性,尝试将其进一步融入到进化背景中去,”文章的通讯作者,伊利诺斯大学生物工程系助理教授马健(Jian Ma,音译)解释道,“这样就能分析出其构架,以及密切相关的其它基因组信息。”

通过BGI研究院科学家们的验证分析,这一研究组预测出了藏羚羊可能的染色体片段组装方法,为了完成这一目标,研究组成员利用BGI的SOAPdenovo组装程序构建出了1434个序列支架,然后重建出了60个羚羊的染色体片段,其中16个片段与牛的染色体片段相似。

“在进行程序处理后,基因组质量得到了明显的提高,”马博士解释道,“染色体片段大量减少,连续性延长,并且可以与其他物种进行比较分析了。而且我们之后也能纠正在这一过程中可能出现的组装误差。”

这一研究组面临的主要挑战之一还在于要找到一种能彻底评估分析结果,以及检测其工具的方法,为此研究人员将RACA分析结果,与模拟基因组组装,以及真实基因组组装进行了比较,其中真实基因组组装数据来自约翰霍普金斯大学完成的2012基因组组装金标准评价(GAGE)。

“我们的数据基本上都来自(GAGE)研究,因为这些数据真实,反映了真正的情况,所以可以检测分析工具,”马博士说,“我们分析了他们研究中采用的各种组装结果,结果我们发现,我们可以改善这些结果。”

马博士表示,现在这项技术可以立即被用于类似Genome 10K之类的项目中,这是2009年发起的一项测定万种脊椎动物基因组图谱的项目,其目的在于研究生物多样性和动物进化的机制。、

“大多数(基因组研究)都在使用NGS技术,因此我们认为这种方法可以用来系统地改善这些新物种基因组质量”,马博士说。

白介素-17B受体IgG小鼠碱性磷酸酶(ALP)
白介素-17CIgG小鼠间粘附分子1(ICAM-1/CD54)
白介素-17DIgG小鼠间粘附分子1(ICAM-1/CD54)
白介素-17EIgG小鼠甲状腺素(TAb)
白介素-17FIgG小鼠甲状腺素(T4)
白介素17受体CIgG小鼠甲状腺球蛋白(TG)
白介素17受体DIgG小鼠甲状腺过氧化物酶(TPO)
白介素17受体IgG小鼠甲状旁腺激素相关蛋白(PTHrP)
白介素1αIgG小鼠甲种胎儿球蛋白/甲胎蛋白(AFP)
白介素1βIgG小鼠甲基化酶(Methylase)
白介素1-β转化酶样凋亡蛋白酶6IgG小鼠己糖激酶(HK)
白介素1-β转化酶样凋亡蛋白酶6IgG小鼠基质衍生因子1β(SDF-1β/CXCL12)
白介素1受体ⅠIgG小鼠基质衍生因子1a(SDF-1a/CXCL12)
白介素1受体ⅡIgG小鼠基质金属蛋白酶2/明胶酶A(MMP-2/Gelatinase A)
白介素-1受体拮抗剂IgG小鼠肌球蛋白(MYS)
白介素-1受体相关激酶2IgG小鼠肌红蛋白(MYO/MB)
白介素-1受体相关激酶4IgG小鼠肌钙蛋白T(Tn-T)
白介素2(人) IgG小鼠肌钙蛋白Ⅰ(Tn-Ⅰ)


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