首先，你需要查查文献，看看哪种类型的3D培养最适合你的需求，以及哪种分析类型适合它们。赛默飞世尔的科学家Cindy Neeley建议全面检索实验设计和细胞类型的文献。提前规划可以让你避免很大的麻烦。“并非所有的细胞类型都适合无支架的3D培养系统，”她说。“有些细胞，如SW480，不能产生足够的粘附分子，也许不能有效地自发形成3D聚集体。另一方面，带有支架的3D培养系统可能限制了细胞的收获和分析。”

另一个需要考虑的因素是分析所用的时间，因为一些类型的分析是在传统的2D板上读取的。“这种分析需要的时间比较短，”3D Biomatrix的总裁Laura Schrader谈道。“一旦样本被转移到2D板上，3D细胞培养物将开始粘附，而生物学也开始发生变化。”

3D培养一直被认为比2D更累，但一些新的系统正在减少这种差异。例如，据Neeley介绍，赛默飞世尔的Nunclon Sphera 3D培养平台可以使用与2D培养相同的培养基、培养条件和显微镜，从而方便了转化。“在接种、培养、观察和收获细胞上，不需要多大变化，”她说。Lonza的产品经理Lubna Hussain也表示，许多标准的2D分析方法也能直接用在Lonza的RAFT™ 3D培养上，或只需稍稍修改。