1. 标本处理与直接法相同→将适当稀释的抗体及补体等量混合滴于切片上，将标本放入湿盒中37℃作用30min→用PBS洗2次，每次5min，搅拌或振动，吹干→滴加适当稀释的抗补体荧光抗体，在37℃中染色30min→用PBS洗2次，每次5min，振动，蒸馏水洗1min→甘油缓冲液封片，荧光显微镜下检查。
2. 对照染色
可作抗原对照、抗血清对照和灭活补体对照，将补体经56℃、30min灭活处理后，按补体同样稀释倍数与抗体等量混合，进行补体法染色结果阴性。
其他
免疫荧光法目前多用于临床检验：
1. 检测组织内免疫球蛋白或免疫复合物，如肾炎之肾穿刺标本、红斑狼疮之皮肤组织等；
2. 检查血液内自身抗体，此时常用小鼠的 组织标本作为抗原，滴加病人血清后，用带有荧光素的抗人免疫球蛋白抗体作间接免疫荧光法；
3.细胞表面抗原鉴定，适用于肿瘤细胞、淋巴细胞等，可在管内悬浮 状态标记染色后转移至玻片上观察，或用流式细胞仪（FCM）进行分类、定量计数；
4. 荧光示踪研究。
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