毛细管电泳仪以毛细管作为分离通道，通过高压直流电场驱动带电粒子进行迁移。样品中的分子由于带电量不同，在电场作用下产生不同的迁移速度，从而实现分离。

在毛细管内，带正电或负电的分子在电场的作用下分别向相反方向移动。这种迁移运动是由于分子表面负荷、电场强度和周围流体动态粘度等因素共同作用的结果。

分离后的分子可以在分离通道末端被检测到，常用的检测器包括光谱检测器、质谱检测器等。这些检测器可以实时记录分子的迁移时间和位置，生成电泳图谱。

全自动毛细管电泳仪具备自动进样、灌胶、清洗等功能，能够显著提高检测效率和准确性。例如，某些系统可以在数分钟内完成多个样本的分析，并具有高分辨率和灵敏度。

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