分枝杆菌的植物细胞内带有很多的脂类，包围着在肽聚糖的外边，因此分枝杆菌一般不容易上色，要历经加温和增加上色时间来促进其上色。但分枝杆菌中的分枝菌酸与染剂融合后，就难以被酸碱性脱色剂褪色，故称抗酸染色。

齐-尼氏抗酸染色法是在加温标准下使分枝菌酸与石炭酸复红坚固融合成一氧化氮合酶，用盐酸乙醇解决都不褪色。当再加偏碱美兰复染后，分枝杆菌依然为鲜红色，而别的病菌及情况中的物质为深蓝色。

抗酸染色一般流程

1）初染

用装片夹夹紧抗酸染色标本采集，滴加石炭酸复红2-3滴，在火苗高空缓缓加温，切忌烧开，出现蒸气即临时离去，若染色液挥发降低，应加上染色液，以防干枯，加温3-5分钟，待标本采集制冷后自来水清洗。

2）褪色

3%盐酸乙醇褪色30~1分钟；自来水清洗。

3）复染

用偏碱美兰水溶液复染1分钟，水清洗，用吸水海绵吸走后用食油镜观查。