培养细胞一经污染，多数较难处理。在细胞培养中如果污染细胞价值不大，宜弃之；在寻找原因后消毒操作室，复苏或重新购置细胞，再进行细胞培养。污染细胞价值较大，又难于重新得到，可采取以下办法清除。

1、细菌和真菌的清除
抗生素对杀灭细菌较有效。联合用药比单独用药效果好。预防用药比污染后再用药效果好。
预防用药一般用双抗生素，污染后清除用药需采用大于常用量5～10倍的冲洗法，于加药后作用24～48小时，再换常规培养液。此法在污染早期有效。

2、支原体的清除

(1) 用MRA处理
用MRA（Mycoplasma Removal Agent）处理细胞，每4天换一次液,连续处理15天以确保细胞纯洁健康，效果好。

(2) 用清洗纯化法清除支原体污染的方法
细胞营养驯化→细胞群的筛选→细胞清洗→反复离心洗涤。

其原理是利用离心力、细胞、微生物质量和悬液的浮力差达到清除支原体的目的。由于支原体个体小且除发酵支原体外多为细胞外寄生,所以通过反复洗涤细胞和低速离心换液使其中潜在的支原体数量降低限。
如结合敏感抗生素的抑杀作用，可达到更好的效果。

(3) 药物辅助加温处理
细胞培养先用药物处理后，再将污染的组织培养物放在41℃培养18小时，可杀死支原体，但对细胞有不良影响。

(4) 使用支原体特异性血清
用5%的兔支原体免疫血清可去除支原体污染，因特异抗体可抑制支原体生长，故经抗血清处理后11天即转为阴性，并且5个月后仍为阴性。

但此法比较麻烦，不如用抗生素方便、经济。