在蛋白质分析技术中，蛋白质芯片是一种高通量、微型化和自动化的新型分析手段 。目前蛋白质芯片主要分两种：一种类似于 DNA 芯片，即在固相支持物表面高密度排列的探针蛋白点阵，可特异地捕获样品中的靶蛋白，然后通过检测器对靶蛋白进行定性或定量分析；另一种就是微流控电泳芯片，通过在玻璃片或硅片上设置各种微泵、微阀、微电泳以及微流路，可将生化仪器设备" target="_blank" >实验室的分析功能浓缩固化在蛋白质芯片上，然后在电场作用下，样品中的蛋白质通过芯片上的孔道分离开来，经喷雾直接进入质谱仪中进行检测，以确定样品中蛋白质的分子量及种类。

蛋白质芯片将为生物化学和分子生物学提供强有力的分析工具。相对于 DNA 芯片，蛋白质芯片的研究进展显得相对滞后，主要原因是 ：（1）芯片材料表面的修饰方法尚不成熟；（2）样品制备和标记操作过于繁琐；（3）信号检测灵敏度低，如低拷贝蛋白质的检测和难溶蛋白的检测精度更加难以保证，因此需要研制和开发高度集成化样品制备及检测仪器。这些问题不仅为蛋白质芯片技术增加了难度，同时也是蛋白质芯片能否从实验室推向临床应用的关键所在。