1.天然培养基,指一类利用动、植物或微生物体包括其提取物制成的培养基。如牛肉膏蛋白胨培养基、麦芽汁培养基等。

2.组合培养基,又称为合成培养基或综合培养基，是一类按微生物的营养要求精确设计后用多种高纯化学试剂配制成的培养基。如葡萄糖铵盐培养基、淀粉硝酸盐培养基等。

3.半组合培养基,指一类主要以化学试剂配制，同时还加有某种或某些天然成分的培养基。例如，马铃薯蔗糖培养基。

二、物理分类：

1.固体培养基,一类外观呈固态的培养基。根据性质又分为固化培养基、非可逆性固化培养基、天然固态培养基、滤膜。

2.液体培养基, 一类呈液态的培养基。

3.半固体培养基, 指在液体培养基中加入少量的凝固剂而配制成的半固体状态的培养基。

4.脱水培养基, 又称预制干燥培养基，指含有除水分外的一切成分的商品培养基。