稳定细胞系是指将外源基因整合到宿主细胞基因组中，使外源基因能够在宿主细胞中长/期稳定表达，这样的细胞系称为稳定细胞系。其原理是将外源基因克隆到具有某种抗性的载体上，通过转染宿主细胞，外源基因整合到宿主染色体上，用载体中所含抗性基因进行筛选即可得到成功整合目的基因的细胞。在试验过程中，常用的真核表达载体抗性筛选标志物有嘌呤霉素(puromycin)、新霉素(neomycin)、潮霉素(hygromycin)等。通过筛选可得到符合实验要求的稳定高表达目的蛋白细胞株或者稳定沉默目的基因的细胞株。

其建立的原理是，将我们所要的目的基因真核到宿主细胞上，随着细胞的生长繁殖，目的基因可以稳定的表达，在通过抗生素的不断加压筛选，得到构建稳定细胞系的过程。相对于瞬时转染，稳定转染技术持续周期长，细胞整合稳定，能够满足后期对蛋白的大量需求。

以下情况需要使用稳定细胞系：

1、实验周期长，要求外源DNA在分裂细胞中长/期表达，>2周。

2、需要构建诱导表达系统。当目的基因的过表达或者干扰需要时空特异性，或者会引起细胞毒性等不利影响。

3、基因敲除/插入等修饰宿主细胞基因组的实验。

4、筛选拷贝数适宜的细胞。

5、对于某些很难转染的细胞种类。即使病毒载体也无法实现高/效率转导。

6、通过构建稳定细胞株实现更好的基因干扰效果。

7、后续实验中需要将转染细胞注射进入动物体内。

8、需要构建单克隆细胞株可以去除个体差异。