旋转系统的质量不平衡是引起振动的主要原因，导致离心机破坏的诸多因素中，转子装载不平衡或试管插放不对称是常见原因。区带转子不需要平衡，但在装样和取样过程中，一定要保证转子平衡，这就要保证整个管路畅通，使分配到每个扇形室里的梯度液、样品均匀等。角转子和甩开转子要求把离心管、套管、样品及管帽一起放在天平进行称重平衡。

尤其在超速离心机使用中成功地使用垂直转子（包括角转子）的关键在于密封离心管。在垂直转子的离心过程中，管帽要受到管内液体的压力，除了保证密封良好外，还要保证管帽、离心管与转子的配合，使管内的空气量减至最少，才能使离心管的塌陷程度降至最小。