校园气象站在校园中的应用十分宽广，因此许多学校都有安装，但是制约小学校园站的因素也是存在的，主要是以下4个方面：
1、新时期校园气象站的性质和任务没有及时调整，出现定位不准
现有校园气象站基本上是沿袭气象局地面气象观测站的方式建设，相当于当地气象局的一个下属地面气象观测站，是一个“工作型”的场地，而不像一个“科普型”的平台。现有传统的校园气象站担负着四项职能：一是满足课堂教学；二是满足规定的气象观测项目的观测需要；三是满足学生进行科学探究；四是要获取准确有价值的气象资料。这种使校园气象站既符合国家专业气象站的要求，又要为学校完成日常教学任务提供课程资源，显然是一个“技术型”和“工作型”的场地。
新时期校园气象站应当成一个“科普型”的育人平台。“校园科普气象站”应当成为满足地理教学的实际需要，提高青少年学生的科技意识，优化校园科技教育环境，活跃学生的课余生活，进行科学素质教育，进行地理科学探究和实践活动，进行气象防灾减灾、安全防范、灾害自救的科普教育及技能培训，进行应对气候变化、践行低碳生活的理念科普宣传的平台。
2、活动的内容单调枯燥，缺少经过专业培训的地理辅导教师，是制约现有校园气象站发展的原因之一。
现有校园气象站大多数是以“气象要素观测记录+气象知识教学”为主要内容，以“辅导老师+兴趣小组（社团）”的方式开展活动。对于大多数中小学生来说，课堂上生动有趣的气象知识学习与枯燥乏味的气象要素观测记录实践，简直反差太大，除非是很听话的学生，很少能够坚持记录下来。
不少专业气象台的职业观测员长期面对一堆冷漠的数字会表现出烦躁情绪，让学生进行这些枯燥的记录意义不大。相反，学生大多数都喜欢去参观气象科普馆，生动逼真的多媒体动画技术往往使他们流连忘返。现实是国内很大一部分学生没条件去参观气象馆，有条件参观的去一两次气象馆就不会再去了。在调查中发现，已建成的校园气象站严重缺乏经过专业培训的地理辅导教师，这也成为制约校园气象站发展的原因之一。
3、校园气象站缺少社会化的建站机制
校园气象站的建设和运行，需要大量的资金和人力，仅靠教育部门和气象部门很难有所突破。据国家气象局公共气象服务中心科普室2009年底的调查数据显示，全国已有的1063个校园气象站的地区分布情况为：贵州551、广东138、江苏97、山东85、福建63、浙江23、上海16、北京13、内蒙10，其余都是个位数。可见校园气象站的建设与地域和经济发展状况没有多大关系，而是与政策扶持有关、与重视程度有关。目前仅有0.3%的中小学拥有科普气象站，普及校园科普气象站任重道远。
现有的校园气象站大都是上级主管部门划拨经费（或机构捐赠），由当地气象局协助建设的。校园气象站还没有社会化、市场化，某种程度上讲机制制约了校园科普气象站的发展。
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