自动水质监测站主要监测水质PH、EC、水温、溶解氧，可应用于无人值守、长期性恶劣环境下的水文监测场合，并且监测站的整体性能不会受监测环境的盐碱度、污染程度等各类恶劣环境的影响。所以在建设过程中需要注意一些问题：
一、站点选择问题
监测点应根据当地的断面、水文条件、水域类型等，选择具有代表性，能够真实反映该断面（水域）水环境质量状况的断面。采水系统应设置在水体均匀，水流集中、流速相对稳定、无湍流、无沉积的平直河段，距离上游支流汇合处或排污口有一定距离。在设置点位时，应对取水口处水质与断面的水质进行实际对比，保证两者的水质参数基本一致。
二、采水系统的设置问题
采水系统是整个水质自动监测站的重要组成部分，应根据地形地势、天气、水文及维护等实际情况，因地制宜地进行建设。根据地形的不同，采用浮标式或栈桥式，根据北方的天气情况，采水系统的管路和电路应安装保温层，冬季天气寒冷时，要防止管路冻裂。如果建设在水位落差大的库区，应考虑采水系统的管路能随水位升降而自动升降。
三、水样预处理问题
自动水质监测站的水样预处理建设中，在不改变水体水质的前提下，选用不同的参数分析测定时，应分别考虑选取相应合适的预处理方法，可采用自然沉降、离心、过滤、反冲洗的前处理技术，使水沙分离，避免管路的堵塞，确保水质自动监测站系统的正常运行。在洪水期，多泥沙水体容易造成分析仪器进样管路逐渐堵塞，影响进样量的准确性和分析监测结果的可靠性，应及时清洗过滤器及整个管路。
四、水质监测的参数选择问题
参数的选择应考虑成熟可靠的监测方法，优先选择与国家标准相匹配的水质在线监测技术，确保监测数据的真实性和准确性，需要符合水环境监测规范。国内多数自动水质监测站的监测参数只有十多项，对其评价，不能全面反映水环境质量状况。今后建设中需考虑在线重金属监测，便于全面进行水质综合评价，更全面反映水环境质量状况。
五、仪器选择问题
目前我国大多数水质监测站，主要引进发达国家专业生产厂家所生产的仪器，仪器性能稳定，技术先进，自动化、智能化程度较高，需注意的是国内外制定的水环境质量标准及实际水环境质量状况均有所差异，需慎重选择。仪器选择上，水质参数分析原理和方法要符合国内水质监测规范，可以将历史的实验室监测数据作为选取仪器的标准。
对于水质良好的水体，要选择量程范围小，检出限低的仪器，对于排污口等水质较差的水体，则要选择量程范围大，检出限高的仪器；在不影响监测结果准确性的情况下，选择光学原理，维护频次少，使用寿命长，维护费用低的分析仪器；
在仪器的选择上，选择没有二次污染或污染少的在线分析仪器。自动监测站的仪器需要配备的试剂有的有一定污染性，需要注意废水、废液的无害化处理，防止对当地环境，尤其是地表和地下水体的二次污染。
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