1.Atg12-Atg5复合体 除了LC3，自噬体膜上标志性蛋白质还有Atg12-Atg5结合体。Atg12和Atg5在翻译后就像单个分子一样共价结合在一起，它定位在自噬体双层隔离膜的整个延长阶段。

2.Atg1/ULK1 酵母Atg1复合物(Atg1-Ath13-Atg17-Atg29-Atg31)或哺乳动物ULK1复合物(ULK1-RB1CC1-ATG13-AT0101)参与自噬发生的起始阶段。因此，复合物活性可以反映自噬水平。ULK1活性位点(Ser317、467、555、637、777和Thr574)的磷酸化水平或失活位点(Ser638和757)的去磷酸化水平可以通过蛋白质印迹技术检测。

3.Beclin1 哺乳动物Beclin1是酵母Atg6基因的同源物。Beclin1通过激活自噬对细胞生长和抑瘤机制进行控制。蛋白质印迹技术检测Beclin1蛋白表达情况直接反映自噬活性。SDS-PAGE电泳，Beclin1分子量为60kD。

4.mTOR 是一个自噬的负性调节因子，mTOR抑制剂西罗莫司可导致自噬的诱导。这个激酶的活性可以通过测定它的底物蛋白核糖体S6蛋白激酶(p70S6K)和4E-BP1的磷酸化水平来检测。070S6K蛋白的Thr398位点和4E-BP1蛋白的Thr37、Thr46位点直接由mTOR磷酸化，对西罗莫司敏感。因此，检测p70S6K和4E-BP1蚩臼的磷酸化水平可以反映mTOR的活性，磷酸化水平的减少预示着mTOR被抑制，可能和诱导自噬的信号通路相关(图5-7-8)。

5.AMPK AMPK是一个苏氢酸／丝氨酸蛋白激酶，包括Ⅱ、B、V三个亚基。Ⅱ亚基Thr-172位点的磷酸化是其激酶活性所必需的。AMPK主要的上游磷酸化酶有AMP依赖的LKB1及Ca2+依赖的CaMKKβ。AMPK是生物能量代谢调节的关键分子，是研究糖尿病及其他代谢相关疾病的核心。AMPK也是调节自噬的重要因子。AMPK通过磷酸化Tsc2和raptor抑制mTOR的活性，另一方面，AMPK也能直接磷酸化ULK1激活自噬。自噬相关的标志性蛋白还包括ATG9、DRAM1、ATG14、ATG16L1平口ATG18等。

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