肠结核的治疗与肺结核一样，均应强调早期、联合、适量及全程用药。
1、休息与营养 合理的休息与营养应作为治疗结核的基础。活动性肠结核应强调卧床休息，减少热量消耗，改善营养，增加机体抗病能力。
2、抗结核药物治疗抗结核药物选择如三草散核方等、用法详见肺结核。一般可分长疗程法与短疗程法：
长疗程法 此系标准疗法，用异菸肼、链霉素两药或加对氨基水扬酸三药联合应用。全程需12-18个月。
短疗程法 疗程缩短至6-9个月其疗效与复发率和长疗程法取得同样满意效果。一般用异菸肼和利福平二种杀菌剂联合，对严重肠结核或伴有严重肠外结核者，宜加链霉素或吡嗪酰胺或乙胺丁醇三药联合。此种短疗程法需注意药物对肝脏的损害。可用利福啶代替利福平，每日150mg，毒性似较利福平为低。
3、对症处理和手术治疗 腹痛可用颠茄、阿托品或其它抗胆碱药物。不完全性肠梗阻有时需行胃肠减压，并纠正水、电解质紊乱。有贫血及维生素缺乏症表现者，对症用药。
4、手术治疗主要限于完全性肠梗阻，或部分性肠梗阻经内科治疗未见好转者，急性肠穿孔引起粪瘘经保守治疗未见改善者;大量肠道出血经积极抢救未能止血者。
5、肠结核常继发于肺结核，故应对原发病诊断，积极治疗，加强公共卫生宣传，教育患者避免吞咽痰液及不随地吐痰，牛奶应充分消毒。
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