由于控制区突变速率较高，由此引发的频发突变（recurrent mutation）会干扰家鸡mtDNA系统发育关系的构建。同时，控制区片段相对有限的遗传信息不足以揭示家鸡驯化的更多历史细节。张亚平院士研究组随后关于家猪（Wu et al. 2007. Genome Biol）和家犬（Pang et al. 2009. Mol Biol Evol）的工作表明，基于线粒体全基因组的系统发育分析可以较好地解决控制区的不足。

源于类似的思路，该研究组继续与国内外的研究者展开合作。通过对东亚、东南亚以及南亚的家鸡和红原鸡样本控制区片段的初步分析，苗永旺和彭旻晟等研究人员选取50份代表样本进行了线粒体全基因组测定，构建了mtDNA系统发育树并对单倍型类群进行了界定。研究结果显示，家鸡和红原鸡共享单倍型类群A-G；相关家鸡和红原鸡的世系在系统发育树中也没有体现出明显的分离。这提示家鸡和红原鸡之间可能存在持续杂交，或是家鸡的驯化时间较短。基于系统发育树，研究人员对包括已发表数据在内的近5000条控制区序列进行了重新分析，从而揭示出分别发生在南亚和中国西南（及其邻近东南亚地区）的局部驯化事件。此外，对单倍型类群D的分析表明，在南岛语系人群移居太平洋岛屿的过程中所携带的家鸡主要是来自东南亚地区。

该工作为今后的家鸡研究工作提供了较为清晰的母系遗传背景信息。相关论文于12月5日在线发表于国际刊物《遗传》（Heredity）。