放线菌属于原核生物系统进化树上的（G＋C）摩尔百分含量（mol％）高的革兰氏阳性菌（Eubacteria）分枝类群，它虽然具有原核生物特有的分子生物学特性，但在其不同类群中，细胞壁的化学组分变化很大。在做大肠杆菌超声时，采用的是400W，破碎5s停5s的方法，效果不错，但是用在链霉菌上，由于细胞壁组成差异一般没什么效果。

链霉菌（放线菌）超声破碎前处理一般是配置成一定浓度的菌悬液。使用超声破碎时采用的具体条件是：
（1）取细菌的24 h培养液于5 000 r／min 下离心5 min收集菌体。

（2）用pH 7．5的Na2HPO -NaH2PO 缓冲液洗涤3次，再用该缓冲液将菌体配成1：3的菌悬液。置于40 mL大塑料试管内。

（3）将大塑料试管置于冰浴中，采用超声波破碎（功率200W，1／2”探头，破碎30s，间歇30s）。

（4）破碎液于12 000 r／min下高速冷冻离心30 min，收集细胞碎片和上清夜。洗涤菌体也可以用预冷的生理盐水或pH8的Tris－HCl，洗涤一次就可以。另外，超声剂量随样品量、菌体改变比较大，功率可以到400－600w，破碎5s，停5s，冰浴，要加终浓度1 mM的PMSF。为确定合适的超声强度和次数，有必要随时镜检观察菌体是否完全破碎。