二氧化碳培养箱的灭菌方式主要包括以下几种：

液体消毒剂：选择对二氧化碳培养箱无腐蚀性的液体消毒剂。但需要注意，液体消毒剂的消毒效果受多种因素影响，如温度、接触时间、pH值、穿透能力和有机物反应等。

紫外消毒：一般先用蒸馏水清洗干净后，再用培养箱自带的紫外灯照射一天。但紫外无法直接照射到的部位，微生物就难以被杀灭，而且灭菌效果也受到温度、湿度、紫外灯功率等因素的影响。

干热灭菌：当CO2培养箱用于污染危险区域时，干热灭菌可作为清洁室内的附加手段。干热灭菌采用6面直接加热，加热温度高达125°C，高温在培养箱中保持2小时以上，经过8小时的灭菌程序（包括2-3小时的预热时间），灭菌室内的温度降低并恢复到37°C或上一个程序设定的温度。

湿热灭菌：以高温湿热环境使微生物的DNA或者RNA变性，失去活力。这种方式对细菌、真菌、芽孢、支原体能实现有效杀灭，尤其对于箱体内已经出现明显污染的有理想效果。

HEPA过滤器灭菌：高效空气过滤器通过有效地过滤空气中的颗粒物质及微生物，从而消除潜在的污染风险，为细胞培养提供安全可靠的无菌环境。

纯铜内表面、管路、搁板辅助灭菌：铜的抗菌作用归因于铜离子的释放，可使微生物的细胞壁分解，或破坏微生物体内某些重要蛋白质的结构，从而抑制微生物的污染。