在选用色谱柱时，应充分考虑所分析样品的极性大小、化合物的种类数量、结构特征。根据化合物的性质，选择合适的色谱柱和分析条件。不同类型的色谱柱使用的流动相不同，使用错误的流动相会降低柱效，损伤柱子。如分析极性较大的多糖类成分，应当采用亲水性的反相填料。对于**使用的色谱柱，还应按照厂家的出厂说明对色谱柱进行低流速的冲洗活化，活化后的色谱填料共价键键合力增强，柱效提高，寿命延长。
样品的准备与预处理
我们的经验是样品纯化得越干净，色谱柱的使用寿命越长。许多样品，尤其是生物样品，组份非常复杂，对色谱柱的损伤性较大，不经预处理的样品直接分析，会严重缩短色谱柱的使用寿命。因此，在样品的准备时需对样品进行预处理，包括准备溶剂的选择、样品过滤等。
制样溶剂的选择
制样溶剂通常需要考虑样品的溶解性、与流动相的相溶性、色谱填料的适用性等方面。这类溶剂需对样品有较大的溶解性，而且与流动相溶，洗脱强度*好低于流动相或梯度洗脱中的起始流动相，以免影响样品分离。目前许多手性色谱柱都禁止使用DMSO、四氢呋喃、等溶解样品，这些溶剂会破坏固定相的结构，从而缩短色谱柱的使用寿命。此外，制样溶剂还应与色谱系统其他部件如高压泵、进样器等相适用。
色谱柱按用途可分为分析型和制备型两类
①常规分析柱（常量柱），内径2~5mm,柱长10~30cm；
②窄径柱（narrowbore），内径1~2mm，柱长10~20cm；
③毛细管柱（又称微柱microcolumn），内径0.2~0.5mm；
④半制备柱，内径＞5mm；
⑤实验室制备柱，内径20~40mm，柱长10~30cm；
⑥生产制备柱内径可达几十厘米。
色谱柱的性能除了与固定相性能有关外，还与填充技术有关。在正常条件下，填料粒度>20um时，干法填充制备柱较为合适；颗粒<20um时，湿法填充较为理想。填充方法一般有四种：
①高压匀浆法，多有用于分析柱和小规模制备柱的填充；
③轴向加压法，主要用于装填大直径柱；
④干法，柱填充的技术性强，大多数实验室使用己填充好的商品柱。
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