薄层色谱法的应用范围大大超过了纸色谱法，主要是由于其展速快、灵敏度及分辨率较高，显色剂选择性大，以及制备薄层的载量较大。有一个阶段薄层色谱法被认为只是一种定性和半定量的方法，因为薄层色谱法在仪器自动化程度、分辨率及重现性等方面不如气相色谱法及液相色谱法。但是薄层色谱法有以下特点：对被分离物质的性质没有限制，使用范围较广；固定相使用一次，故样品预处理比较简单；平面薄层具有多路柱效应，可同时进行多个样品的分离，所以样品分析的时间短；优化展开剂的组成非常方便；不受一种检测器的限制，在同一色谱上可根据被分离化合物的性质选择多种检测方法进行定性或定量，并且可以重复测定；得到一个典型色谱图时，可以扫描或彩色摄影*保存；当吸附剂化、定量分析仪器化、自动化后，提高了薄层色谱的分辨率及重现性。因此气相色谱法和液相色谱法不能代替薄层色谱法。在实际工作中薄层色谱法仍是被广泛应用的一种方法，每年数以千计的平面色谱应用文献中，主要是有关薄层色谱法的内容。在应用中根据粗略统计，医药方面约占30%，临床、生化等约占25%，环境化学约占15%，食品、农业约占10%，无机及金属有机化合物约占5%，其他方面约占15%，所解决的问题也是方方面面的。