在大容量柱温箱分析系统中，对色谱柱温度控制的要求越来越高，药典及诸多新的分析方法，也对柱温给出条件，由于色谱柱恒温箱可以精确、稳定的控制色谱柱的使用温度，对于提高色谱柱的柱效，改善色谱峰的分离度，缩短保留时间，降低反压，保证分析样品结果的重复性，具有不可忽视的作用。使其成为高效液相色谱仪的重要配套装置。
色谱柱与流动相的温度，影响着组分的分离平衡，对于使用大容量柱温箱的有益之处我们认为有以下几点：
1、大容量柱温箱可以使保留时间相对恒定，对需要进行的定性鉴别可提高其可信度；
2、保留时间相对恒定是进行定量的基础，不同的保留时间不仅不能判断其成份的一致性，同时，由于保留时间不同峰面积也必将发生变化，其检测结果的可信度将受质疑。
3、大容量柱温箱温差较大时，因保留时间不稳将增加检测工作的麻烦。
4、温度低的时候，因流动相黏度增加而使检测时间延长，同时增加泵的磨损，影响设备的使用寿命。
5、温度低的时候还因溶解度相对下降而出现缓冲盐结晶而堵塞泵、进样阀、管道、色谱柱的现象。
6、温度低时还因溶解度下降使杂质吸附在填料上而难于洗脱，从而影响色谱柱的使用寿命。
对于流动相温度的控制目前没有很好的方法，即使是整个室内使用空调也难于使流动相的温度保持一致，因此，目前大多采用控制柱温的方法，使用柱温箱能耗低，控温精度高，是液相色谱仪的辅助设备，药品标准中，有不少品种对柱温也有明确要求。
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