为了延长色谱泵的使用寿命和维持其输液的稳定性，必须按照下列注意事项进行操作：
①防止任何固体微粒进入泵体，因为尘埃或其它任何杂质微粒都会磨损柱塞、密封环、缸体和单向阀，因此应预先除去流动相中的任何固体微粒。流动相在玻璃容器内蒸馏，而常用的方法是滤过，可采用Millipore滤膜(0.2m或0.45m)等滤器。色谱泵的入口都应连接砂滤棒(或片)。输液泵的滤器应经常清洗或更换。
②流动相不应含有任何腐蚀性物质，含有缓冲液的流动相不应保留在泵内，尤其是在停泵过夜或更长时间的情况下。如果将含缓冲液的流动相留在泵内，碳硫分析仪由于蒸发或泄漏，甚至只是由于溶液的静置，就可能析出盐的微细晶体，这些晶体将和上述固体微粒一样损坏密封环和柱塞等。因此，必须泵入纯水将泵充分清洗后，再换成适合于色谱柱保存和有利于泵维护的溶剂。
③色谱泵工作时要留心防止溶剂瓶内的流动相被用完，否则空色谱泵运转也会磨损柱塞、缸体或密封环，zui终产生漏液。
④输液泵的工作压力决不要超过规定的zui高压力，否则会使高压密封环变形，产生漏液。
⑤流动相应该先脱气，以免在泵内产生气泡，碳硫分析仪影响流量的稳定性，如果有大量气泡，泵就无法正常工作。
如果色谱泵产生故障，须查明原因，采取相应措施排除故障：
①没有流动相流出，又无压力指示。原因可能是泵内有大量气体，这时可打开泄压阀，使泵在较大流量下运转，将气泡排尽，也可用一个50ml针筒在泵出口处帮助抽出气体。色谱泵另一个可能原因是密封环磨损，需更换。
②压力和流量不稳。原因可能是气泡，需要排除;或者是单向阀内有异物，可卸下单向阀，浸入丙酮内超声清洗。有时可能是砂滤棒内有气泡，或被盐的微细晶粒或滋生的微生物部分堵塞，这时，可卸下砂滤棒浸入流动相内超声除气泡，或将砂滤棒浸入稀酸内迅速除去微生物，或将盐溶解，再立即清洗。
③色谱泵压力过高的原因是管路被堵塞，需要清除和清洗。压力降低的原因则可能是管路有泄漏。检查堵塞或泄漏时应逐段进行。
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