流体进入蠕动泵泵头后被蓄积在两个辊子之间，形成“流体枕”。 随后便是短暂的断流，因为后面的一段泵管又被辊子阻断，再次形成“流体枕”。如此循环往复，便形成脉动的，而不是平滑连续的流体。

如果不希望出现这种脉动，可采用蠕动泵管锁闭程度可调节的泵头，这样可将脉动程度降低25%，因为这使得流体枕之间的断流程度减缓。但某些应用场合对蠕动泵产生的脉动限制更严。对其而言，25%脉动的降低程度还不够。在这种情况下，可考虑采用其它四项措施来进一步减轻脉动: 采用带有交错锁闭和更多辊子的泵头造型；采用具有交错脉动的多泵头形式；采用脉动缓冲器；以及更换排放管的配置。计时还要求：当辊子位于泵头的上止点(TDC)时锁闭程度正好大。然而，有些泵头中装了六到八个辊子，且在设计时还增加了交错锁闭----即：锁闭程度大时，辊子已经转离泵头的上止点。这两项设计的组合可被用来消除脉动。

可直接将具有交错锁闭的两个泵管卡（或泵管床）装在蠕动泵泵头的不同方向上，这可使两个泵管床中的泵管交替达到大锁闭程度时，辊子都正好位于上止点的对面。用一个三通接头将入口分成两个通道，在出口处再用一个三通接头将两个通道合二为一。这可使流体脉动交替到达出口处的三通接头。由于装了六到八个辊子，所以流体枕中的体积和断流的体积几乎相同。这样，一个通道中的每个流体枕正好可以填满另一个通道中的断流部分。由于增加了辊子，故流体脉动频率增快的同时振幅却减小了。这样，就可基本上消除脉动。此办法尤适于流量在460毫升/分钟以下的流体。

对于流量在460毫升/分钟以上的流体，也可采用安装两个具有交错锁闭的泵管卡（或泵管床）的方式，虽然效果稍差一点。可将两个泵头并联，这两个泵头都设计成：当辊子位于蠕动泵泵头的上止点(TDC)时锁闭程度正好大；但要求两个转子的转动位置正好相互错开。当泵头位置交错距离达到辊子距离的50%时效果较好。在此种配置下，辊子不同时达到上止点，所以在相邻的两个通道之间会交替出现流体枕和断流。如果每个通道的入口和出口端均采用三通接头进行连接，则一个通道中的流体枕正好可以填满另一个通道出口处的断流部分。然而，这种泵头产生的流体枕和断流部分的体积比率要比带有六到八个辊子的泵头产生的体积比率大。这样，出自相邻通道的多个流体枕会相互重叠，脉动程度只能减轻80-95%。

可将脉动缓冲器装在出液管线上以减轻脉动。脉动流体流入缓冲容器时，蓄积在液体上方的气穴将脉动波吸收掉90%，使流体在缓冲器中便趋于平缓。

自制一个适于各种泵管尺寸的缓冲容器以及合适尺寸的接头并不难。缓冲器的出口位置应靠近入口位置，或高于入口位置。出口和入口位置均应靠近容器底部，以便收集容器上部的空气。

改变蠕动泵通道的配置也可减轻脉动。成倍地延长排液管的长度，及选用硅橡胶这类较软的泵管材料也可减轻脉动达60%。较软的泵管有助于流体脉动的吸收，而较长的排液管线可增加摩擦。增加摩擦可提高背压，从而将若干脉动流体挤压在一起，达到减轻脉动的目的。