光谱仪的定量分析是基于荧光X射线的强度。影响仪器射线强度的因素会影响分析的准确性。以下是两个主要因素：
1、矩阵效应
基质效应包括吸收效应和增强效应。吸收效应包括基板对入射X射线和荧光X射线的吸收。当样品受到辐射激发时，它不仅作用于样品表面，而且以相应的厚度渗入样品中。样品中的分析元素形成的荧光X射线只能通过相应厚度的样品发射。在穿透过程中，由于基体元素的吸收，这两种X射线的强度会减弱，X射线的减弱会影响分析元素的激发效率。
如果光谱仪入射X射线激发基体元素形成波长略短于分析元素吸收边的荧光X射线，会使分析元素形成二次荧光X射线，进而增强强度分析元素的荧光X射线，是基体的增强作用。如果吸收效应占优势，则分析结果略低；如果增强效果占优势，则分析结果较高。
2、效果参差不齐
不均匀效应是指样品粒径不均匀性和样品表面光滑度对荧光X射线强度的影响。对于粉末样品，大颗粒的吸收强，小颗粒的吸收弱。因此，要求粒径尽可能小，以减少对X射线的吸收。测量短波X射线时，粒径应大于250目，测量波长大于0.2nm的长波X射线时，粒径应大于400目。
固体样品必须抛光，粉末样品必须压实以使表面光滑。粗糙的表面会显着降低光谱仪荧光X射线的强度。测量短波X射线时，光洁度约为1005m，测量长波X射线时，光洁度为20-50mm。
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