第一，整个培养过程中果蝇的生存空间不能有凝结的水滴存在，水滴会粘住果蝇翅膀而令其死亡。一旦发现，可以用消毒棉球将水滴吸干。

　　第二，培养基变形、发霉或者太干太湿时要及时更换。如果培养基中有幼虫和蛹，羽化后就要立即转瓶。

　　第三，培养基发霉是果蝇培养最易出现的问题，其原因是多方面的，要以预防为主。一旦发霉后，真菌孢子到处飞扬，就很难处理了。具体措施是：培养果蝇所用的器皿要严格消毒；培养基要加入适量的防霉剂，例如丙酸；接种过程尽量做到不交叉感染真菌孢子体；

　　分装培养基后要趁热塞好棉塞，防止培养瓶冷却收缩倒吸受污染的空气直接入内。如果培养基已经发霉，由于霉菌孢子漂浮于培养瓶的整个空间，包括果蝇身上，如将此果蝇接种到新的培养基中，大约经过4—5d，培养基将会重新长出霉菌来，遇到该问题，解决的方法有两种：一是不再接种这种长霉菌的果蝇，重新接种未长霉的果蝇；二是采取措施杀死果蝇身上的霉菌孢子。杀霉菌方法为：将带有霉菌孢子的成蝇倒入空培养瓶中，棉塞上倒适量的75％酒精，再将瓶口塞紧，利用酒精具有挥发性，挥发后的酒精充满整个瓶内，从而将果蝇身上的霉孢子杀死。在操作上应注意两点：一是倒在棉塞上的酒精量要适量，过多果蝇易醉昏，过少杀不死霉菌孢子；二是果蝇呆在空瓶内的时间要恰当，以2d为好。

　　第四，培养基一般每3周应更换一次。