原位拉曼光谱仪是将拉曼光谱分析技术与显微分析技术结合起来的一种应用设备，在微量分析测定中分离效果好、灵敏度高、设备简单、易于操作等诸多优势，可以选择有关分析所感兴趣的任何样品的任意部位，整个分析鉴定过程，都非常直观，易于进行观察和控制。主要应用于水质污染监测、表面污染检测和其他有机污染物的鉴别，化学、高分子、制药及医学相关域的物质成分的判定、确认与分子结构研究。
原位拉曼光谱仪具有很好的空间分辨率，利用共聚焦显微拉曼光谱可以得到样品体积很小和不同深度的光谱信息。该仪器空间分辨率好于1μm，纵向分辨率达2μm，采用干涉窄带滤光片技术，实现了拉曼光谱二维直接成像，可方便快捷地获得物质成分的微观空间分布。使用计算机控制高精度XYZ三维平台，可实现逐点扫描，获得高分辨率的三维Raman图像。
共聚焦系统能够消除物镜自身产生的光谱。当入射光和散射光通过光学系统特别是通过显微镜的物镜时，物镜材料的拉曼和荧光光谱会出现并叠加到样品的拉曼光谱上，尤其是在检测高反射率的样品时。共聚焦系统主要给出聚焦区域的光谱，能避免物镜光谱出现。
原位拉曼光谱仪有多个频率可供选择。但应注意，在测试生物样品时，入射光通过显微物镜把能量集中在一个微区，因此必须采用低功率的激光以避免样品的热和光化学反应。
原位拉曼光谱
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