• 每个通道只能选择1 种荧光素，以Calibur为例说明：Calibur的FL1通道选择了FITC就不能选择AlexaFluro488，或者选择了Alexa Fluro488就不能选FITC；Calibur的FL3通道尽管能检测PE-Texas Red, PE-Cy5, PerCP, PerCP-Cy5.5, PE-Cy7五个荧光素，但是我们搭配的时候只能选择其中1个。

• 各个通道之间的荧光素可以随意搭配：如果流式细胞仪能做4个通道，在第1个原则之下，那么每个通道随便选出1个荧光素就可以组合成4个颜色。以2根激光的Calibur为例，如常用的搭配是FITC(FL1)＋PE（FL2）＋PerCP（FL3）+APC(FL4), 这个搭配组合可以更改成Alex Fluro488(FL1)＋PE（FL2）＋PerCP（FL3）+APC(FL4), 或者FITC(FL1)＋PE（FL2）＋PerCP（FL3）+AlexFluro647(FL4)，或者FITC(FL1)＋PE（FL2）＋PE- Cy5（FL3）+APC(FL4)等多种组合。总之，在第1原则之下，我们可以随意搭配和组合各个荧光素。但是需要注意的是，APC和PE-Cy5一起使用的话，容易导致补偿过度，因此，通常我们不会将这两种荧光素一起使用，即使他们不在同一通道检测。
为什么有时候同型对照的表达会比抗体的表达高？

首先需要检查同型对照是否加错类型、剂量等。其次，因为有些标志在细胞的表面或者胞内表达不高，而跟其类似的抗原非常多，那么加入同型对照时，同型对照非特异性的结合会超过抗体的特异性，所以会造成这种现象。这个时候推荐使用其他阴性对照，如空白对照等。