根据抗原是否显示免疫原性而区分抗原
（1）完全抗原：即免疫原。根据化学特性，免疫原性最强的是蛋白质抗原，多糖次之；脂类和核酸如果与蛋白质及多糖形成复合物，可显示免疫原性。
（2）半抗原：因分子质量小仅具有抗体结合特异性，需和载体蛋白连接后方具有免疫原性。此时，半抗原激活B细胞，载体蛋白激活T细胞。换言之，对于半抗原―载体系统，B细胞表位和T细胞表位分别位于半抗原和载体分子。
根据B细胞产生抗体是否需要T细胞协助而区分抗原
（1）T细胞依赖性抗原（TD―Ag）：主要是蛋白质。此类抗原诱导B细胞产生抗体时，需有CD4Th2细胞参与。
（2）T细胞非依赖性抗原（TI-Ag）：主要是多糖和决定簇重复的线性抗原，可直接诱发B细胞分化，产生以IgM为主的抗体。
根据抗原和机体的亲缘关系而区分抗原
（1）异种抗原：主要指来自不同物种的蛋白质抗原。如针对人体抗原的鼠源性单克隆抗体，一旦引入人体后，既可作为抗体和相应的抗原分子起作用，也可以诱发产生抗抗体，形成人抗鼠抗体（HAMA）反应。广义而言，前面提到的病原体如细菌和病毒显示的PAMP也是一种异种抗原，只是此类抗原一般不与抗体等免疫产物相结合，而是启动炎症反应清除病原体。
（2）同种异体抗原：典型者如AS（）血型抗原和组织相容性抗原，后者是引起移植物排斥的主要因素。
（3）自身抗原：正常情况下，免疫系统不对自身抗原产生免疫应答。病理情况下，自身反应性淋巴细胞大量激活并产生自身抗体，引起自身耐受崩溃。其中涉及一系列复杂的免疫生物学现象。
（4）嗜异性抗原（heterophilicantigen）：通常指人体某些组织与病原微生物特定成分之间所具有的共同抗原。如肺炎球菌与血型抗原之间、溶血性链球菌胞膜与肾小球基底膜和心肌组织之间，大肠杆菌成分与结肠膜之间可呈现交叉反应，表明存在共同的嗜异性抗原。阐明这些抗原的作用，对疾病的诊断和治疗十分重要。
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