多肽合成后可以使用超高效液相色谱串联单四极杆质谱仪来进行分子量测定。如果多肽纯度足够高的话，则可以不通过色谱柱分离而使用FIA（流动注射模式）进行直接分析。多肽通常会形成带多个正电荷的离子，可以使用解卷积软件来自动对质谱图进行解析并计算每个离子对应的电荷数，得到多肽的分子量信息。LCMS-2020是岛津公司2008年推出的新单四极杆质谱仪，是同类型仪器中技术指标整体性能好的产品。它具有超快速扫描技术（UF scanning），最大扫描速度可以达到15,000Da/sec，且不损失灵敏度；具有超快速正负极性切换技术（UF switching），达到最快15 ms正负离子极性切换时间；具有增强型离子光学系统（Qarray®）技术，提高离子传输效率和灵敏度。其操作和维护非常简便，无需工具即可更换 ESI、APCI或DUIS离子源，无需工具即可更换ESI离子源毛细管，无需卸除真空即可更换 DL管路（除溶媒单元）。岛津的Nexera UHPLC拥有业界高130MPa的耐压能力，可通用各种品牌的色谱柱因而应用广泛。

岛津三重四极杆质谱仪LCMS-8050结合超高效液相色谱能够实现目标多肽物质的快速分离和高灵敏度检测，利用离子源同轴加热技术能够促进雾化，提高离子化效率，降低基质干扰和噪音水平，实现血浆基质中多肽药物的准确、快速检测。LCMS-8050是2013年岛津公司推出的高端三重四极杆质谱仪，具有UF switching、UF scanning、UF sweeper III超快速分析技术，并可实现UF sensitivity的超高灵敏度分析，是同档次仪器中技术指标整体性能好的产品。

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