有报道指出，大肠菌群作为水质微生物学指标是不可靠的，而产气荚膜梭菌可作为一个水污染的指示菌。欧洲已将其作为水质卫生标准的补充条款，WHO已在水质检测中将其作为水质污染的微生物。产气荚膜梭菌数量与水污染程度有一定的相关关系。我国《食品安全国家标准 饮用天然矿泉水检验方法》GB8538—2016规定，天然矿泉水产品和水源水需检测产气荚膜梭菌。

目前，检测产气荚膜梭菌多采用培养基法和PCR法。HiMedia公司（国际知名微生物培养基生产商）生产的M-CP平板——梭菌显色培养基M1354（膜过滤法），根据Armon和Payment的配方而成。培养基中的胰蛋白䏡、酵母粉提供氮源营养，蔗糖提供碳源营养。溴甲酚紫为pH指示剂。吲哚β-D-葡萄糖苷为β-D-葡糖苷酶或纤维二糖酶的显色底物，二磷酸酚酞用于检测酸性磷酸化酶。添加的D-环丝氨酸和多粘菌素B（FD153）抑制伴随的其他菌群。厌氧环境也提供了进一步的选择性。当黄色（纤维二糖酶阴性）菌落在暴露于氨烟30秒后变为玫瑰红时，即可认为是产气荚膜梭菌。颜色鉴别有时是困难的，因此，可挑取典型菌落（黄变粉色）和非典型菌落（绿色或没变色）进行验证。验证试验可通过硫还原、革兰氏阳性、芽孢杆状、无动力性、硝还原、明胶液化、乳糖发酵和其他生化试验证实。实践证明，采用快速膜过滤技术和显色培养基(M-CP培养基），简单、易行、可靠，HiMedia公司生产的M-CP培养基在国际上得到广泛应用，如 Raed S. Al-Wasify等人，用显色介质检测水中某些病原菌的敏感性和特异性（Raed S. Al-Wasify, Al-Sayed A. Al-Sayed and Mohamed M. Kamel. Sensitivity ａnd Specificity of Chromogenic Media for Detection of Some Pathogens in Water[J]. International Journal of Environment ａnd Sustainability, 2013, 2(1): 1-9.）