首先必须明确，细菌污染食物的原理包括内毒素和外毒素两种。内毒素，主要是细菌胞壁的主要成分之一，脂多糖。外毒素，就是细菌自己分泌出去具有生物活性的某些蛋白或化合物，例如霍乱毒素。

第二个需要明确的一个问题是，毒性总是和剂量有关的。

第三个问题是，细菌在封闭系统的增殖，包括了适应期对数期平台期和衰老期四个阶段。适应期时，细菌基本不增殖，这时细菌主要的任务是调整内部的各个通路和代谢过程，适应新的环境。当它完成适应后，就进入对数期，以指数形式繁殖，当规模达到封闭系统可以容纳的极限时，细菌进入平台期，数量维持不变。最终营养消耗完毕，废物堆积，细菌种群会下降，这就是衰老期。

好了，然后我们来看看烧水是怎么回事。通常100度湿热环境（高低温交变湿热试验箱）可以很好的杀死活细菌。死掉的细菌不能分泌外毒素，而且很多外毒素是蛋白质，这个温度也会引起蛋白变形，失去生物活性。但脂多糖可以耐受300度干热，所以细菌的尸体仍然具备活性的内毒素。

因此，如果是新鲜的水，内部的细菌还处在适应期和对数期的早期，种群规模不大，此时烧水，可以很好的消灭外毒素，可以停止内毒素的累计，但不能消灭已有的内毒素，但毕竟此时内毒素并不多，不会引起人体的什么刺激反应。

但如果是已经有很多细菌，进入平台期甚至衰老期的水，再怎么煮也是有很多内毒素的，通常喝了会刺激肠道，也就是食物中毒拉肚子。

如果要找完全没有内毒素的水，那是需要实验条件下的18层超滤纯水机才可以做到的。甚至通常的实验都不需要去除内毒素，只有一些免疫学研究需要实验体系隔绝内毒素。

其实人体和细菌与其说是寄生和宿主的关系，不如把细菌看成人体的一部分。人的细胞中的线粒体来自于远古时候真核生物和原核生物的融合，人体内细胞间沟通所用到的细胞因子，大部分在进化上来自于远古时候真核生物共生的原核生物的群体通讯系统。事实上，人类基因组里面2万多个基因，有不少都来自于共生细菌基因的转导，也就是说，细菌的基因有极低的概率直接跨物种甚至跨界整合进入植物动物基因组。所以，不要怕细菌，我们和它们更多的是老朋友的关系。

水烧开后，细菌的尸体当然还在水里，但不是原来的样子。

烧开水应该可以杀灭大部分有害的细菌，因为高温可以让它们体内的酶（蛋白质）变性，停止作用。死去后的细菌或者其它微生物的尸体（细胞）会很快溶解，里面的东西会被释放出来。细菌体内的大多数物质，应该与一般细胞体内的完全一样，除了它们的基因和一些毒素。所以，如果用显微镜去看，人不会发现开水里有太多“细菌状”的尸体存在。

没有活性的细菌基本上没有害处，但是不能说完全没有。在理论上，死去的细菌已经失去繁殖和继续制造外毒素的能力了。然而，细菌的细胞体破裂以后，会释放出内毒素。内毒素比较耐热，但是毒性没有外毒素的那么强，所以导致生病的可能性也应该比较小，除非是特定的细菌。