细胞核检测较少采用细胞免疫荧光或原位免疫组化的检测方法，而普遍采用荧光染料与核酸物质直接结合而显色。组织染色中，细胞核的常规光镜观察优先选择苏木精染色，简单方便，普通光镜就能得到胞质区别明显的组织切片图片，但分辨率差，常常仅限于低倍镜下观看，且细胞核轮廓不清晰，染色特异性差。

在多重细胞荧光染色时，DAPI和Hoechst染色为核酸染色首选，活细胞以及固定后的细胞上都可以得到特异性的细胞核成像，且轮廓清晰，染色高效快捷，由紫外光激发，与其他常用激发波段的波长基本不重叠。但DAPI为半透膜染料，组织核酸标记并不理想，并且其紫外激发波段也不适用于所有共聚焦显微镜。

TOTO和TO-PRO等系列的核酸荧光染料常常用于共聚焦显微镜细胞成像，并且远红外激发波段的染料更常见。远红外波段可以和其他可见光荧光染料组合，进行多重荧光细胞成像，缺点在于普通荧光显微镜无法观测到。

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