最近，在植物进行的一项新研究中，研究人员们以早期工作为基础，在早期工作中他们将发生在RNA及RNA结合蛋白质之间的所有相互作用进行编目。这一次，他们仅在细胞核中研究这些相互作用，同时获得关于核RNA分子结构的数据。通过结合这些数据集，他们的研究全面分析了可能影响RNA调控过程的模式，这些调控过程发生在这些分子进入细胞质之前，在那里它们转化为蛋白质，从而构成一个活的生物体。

此外，研究人员提供了一个巨大的、公开可用的数据集，其他科学家可以用来解决关于他们感兴趣的基因及调控机制的问题，从而更好了解从DNA到蛋白质这一行程的动力学。

研究小组称，他们开发出一种方法，可对活生物体中RNA和RNA结合蛋白之间相互关系获得一个完整的目录。该技术被称为PIP-seq，用于蛋白质相互作用谱测序。

在当前的这项研究中，他们使用常用模式植物拟南芥（Arabidopsis thaliana），标出了所有RBP相互作用位点，也编译出RNA转录子的完整二级结构。第一项研究着眼于细胞内的所有RNA，一套被称为转录组的材料，而这项研究却只着眼于在细胞核。

通过特别关注细胞核，我们可以避开RNA分子的所有特征——与转录成蛋白质的过程相关，这个过程发生在细胞质中。通过集中研究与RBPs相结合的RNA部分，该研究小组发现，这些序列在进化史中已经变得保守，可能在基因调控机制中发挥重要的作用。

两种关键的转录调控形式是：可变剪接，其中RNA片段经历了剪切和粘贴过程，以产生可编码不同蛋白质的新序列；和可变聚腺苷酸化，它会改变一个转录子结束和一个腺嘌呤“尾巴”添加的位置，这个过程可以提高RNA分子的稳定或降解。