本品具有强烈的肾毒性，应避免系统应用，可发生血尿、蛋白尿甚至肾小球和肾小管坏死。另偶可发生过敏反应，出现瘙痒、皮疹）药物热以及呕吐等症。本品肌注疼痛明显，可出现注射部位硬结。

短杆菌肽因其由短芽孢杆菌(Bacillus brevis)的培养物中提取，又都是多肽类物质而得名。通常是由短芽孢杆菌中提取的一类物质的总称（如短杆菌肽A，短杆菌肽B，短杆菌肽C，短杆菌肽D，短杆菌肽S等），有时也特指其中之一种，如短杆菌肽A或别的如短杆菌肽S等。一般制成软膏类剂型用于皮肤化脓性症疾的预防和治疗。用于金葡菌、溶血性链球菌、肺炎球菌等敏感菌所致的皮肤软组织及眼部感染。由于本品的严重肾毒性反应，现已不作全身用药，仅局部应用。也可口含，治口咽部感染。

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