简单来说，药物筛选可被分解为3步。

第一步：细胞培养（plate 1）

. 仔细选择目标细胞，来测试化合物的功效。通常，选择癌细胞系（组织特异性肿瘤类，耐药/敏感性癌症）用于药物筛选。

. 使用96孔板，覆盖广泛的浓度范围。

. 在200μl培养基/孔中保持铺板密度为5000-20,000个细胞。密度将取决于细胞生长和孵育时间（24,48或72小时）。准备大量的细胞稀释液。

. 一个96孔板可以测定两类药物（药物1：行A-D，列2-12；药物2：行E-H，列2-12）中的两种药物的测试。

第二步：药物稀释 (plate 2)

. 这一步需要计算。你需要决定化合物的测试范围。这通常基于与化合物的抗癌效率/毒性范围相关的先前报道。如果你是第一个测试者，简单地测试3个浓度范围（如100μM，10μM和1μM）。

. 一旦你知道原始浓度范围，决定目标细胞能承受的高浓度。将该浓度乘以2，即是工作浓度。

第三步：药物与细胞融合

. 弃掉Plate 1的整个培养基。使用多通道移液枪，将95ul新鲜培养基转移到Plate 1的每个孔中。然后，将95ul上述药物稀释物从Plate 2转移到Plate 1相同（对应）的孔中。这时的阴性对照为：A1，B1，C1，D1；阳性（无药物）对照为：E1，F1，G1，H1。孵育细胞。

. 一旦孵育完成，使用任何细胞活力/细胞毒性分析来测试候选药物。