草菇菌种的保藏方法与要点:传代培养保藏法、液体石蜡覆盖保藏法、栽培保藏法、冷冻干燥液态氮超低温保藏法、悬液保藏法、自然基质简易保藏法等。生产上最常用的保藏方法是传代培养保藏法。
根据培养基成份的不同，传代培养保藏有两种方式：

1、试管斜面接种培养保藏：将需要保藏的草菇菌种接到PDA试管斜面中，在30℃下培养，菌丝长满培养基后，在20℃左右温度下存放，最低温度不要低于15℃。为减少保藏过程中基内水分的散失，通常将菌种放在塑料袋中，亦可用橡胶塞封紧管口。并每隔2～3个月转管1次。

2、稻草斜面接种培养保藏：稻草粉95％，石膏2％，麸皮或米糠3％，用石灰调节pH值8～9，含水量55％～60％。将配好的培养基装入直径25L、长250L的试管中，装料量为试管长度的2／3，用棉塞封管口。灭菌后，接上草菇菌种，33℃下培养，待菌丝长满试管时，用橡胶塞代替棉塞封紧管口。置15℃～20℃下保藏，每隔3～6个月转管1次。
草菇性寒，平素脾胃虚寒之人忌食。此外，无论鲜品还是干品都不宜浸泡时间过长。