在使用培养基过程中最怕的就是各个环节的污染，对于培养基的要求也是很高的。

首先要确认工作细胞库是否被污染，确认毒种工作种子批是否被污染，确认所用培养基及其添加成分（如小牛血清、NaHCO3等）是否被污染，均可用细菌、真菌及支原体无菌试验来确认并排除。同时要对无菌试验培养基的灵敏度进行验证。实际生产中，可以从配制好的培养液中取少量加入营养琼脂于恒温培养箱内培养，48小时即可观察有无污染。

还要确认其他一些方面，如高压灭菌设备、过滤除菌设备均应进行验证，确保灭菌和除菌效果;前者应在投产前及其后的每6个月进行验证，后者应在每次除菌前、后进行验证工作（至少应在除菌后进行一次）。

另外，应将有毒区与无毒区严格分开，并有各自独立的空气净化系统及孵室，有毒区对无毒区应保持相对负压，防止病毒对培养细胞（尤其是细胞库）的污染。

培养基被污染后容易滋生其他细菌和真菌，避免这种情况的发生，一定要确认各个环节是否有被污染。