染色体步移(genome walking)是一种克隆方法,可以获得与已知序列相邻的未知基因组区域。在过去20年
ELISA研究人员开发出多种染色体步移的方法,大体可分为三类:反向PCR,连接介导的PCR和随机引物PCR。最近,韩国生物科学技术研究所(KRIBB)的一个研究小组对传统的连接介导PCR方法进行了改进,文章发表在近期的《Analytical Biochemistry》上。
在这种新方法中,
ELISA研究人员用双脱氧NTP(ddNTP)填补了限制性酶消化的基因组片段的3’-OH,并与正确设计的框连接。这样,侧翼伴有框的基因组DN段就作为靶基因扩增的模板,扩增引物分别为基因特异的引物和框引物。基因组DNA的末端被ddNTP锁定,从而大大降低了非特异性扩增,并产生了简单快速的染色体步移。宋博士称:“模板锁定的PCR显示出高特异性。它既不需要特殊设计的引物,也不需要巢式PCR。”
然而基于PCR的染色体步移方法面临着多种问题:特异性和效率低,步移距离短,且方法复杂。宋博士解释道,尽管PCR一般需要两个起始位点,而连接介导的PCR染色体步移只需要单个起始位点。通过与缺乏5’端磷酸基团的框(cassette)连接,产生了第二个起始位点。这种方法的问题在于往往非特异扩增了许多DN段。宋博士及其同事开发的“模板锁定(template-blocking)”方法降低了这种非特异的扩增。
ELISA研究人员通过克隆毕赤酵母的一个PGK1新启动子和青霉菌的两个纤维素酶新基因,来检验了这种模板锁定PCR。这两种生物的完整基因组序列目前都还没有。

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