第一步、控制气流，手术室内含有一定的气流，简单的说有很多有害物质在空气中，我们要做的是把空气中有害的物质过滤掉。
第二步、初级净化，在手术室这一定的空间范围，我们要将此范围空气中的微粒子、有害气体、细菌等污染物质排除，并将室内洁净度、压力、温度、气流速度、噪音、照明及静电控制在手术室中。
第三步、温湿处理，由于气流速度的关系，在一定的范围内室内的温度、湿度会产生变化造成空气无法流通，因此我们要使用空调系统使气流流通，进而控制室内的温湿。
第四步、空气过滤，这里我们使用的是初效过滤器进行空气过滤。我们要将室内空气中≥0.5μm的微粒数过滤，将空气菌过滤，过滤容易产生化学反映的一些不必要的空气。
第五步、将过滤的空气送出房间，这里我们使用的是 净化管道送风，俗称：送风管道
第六步、再次进行空气过滤，这里我们使用高效过滤器进行过滤，让空气洁净度更加适应手术室。
第七步、再次送风，我们使用高效送风口或FFU送风单元，再次将过滤后的空气送出手术室。
第八步、将洁净气流送入手术室。
第九步、正压送同风
第十步、回风，空调系统将局部环境中的风经过净化后再送回局部环境
第十一步、百叶管道
第十二步、初级过滤，再次循环。
一个完整的洁净手术室包括以下部分：
1：卫生通过用房：包括换鞋处、更衣室、淋浴间、风淋室等；
2、消毒供应用房：包括消毒问、供应问、器械间、敷料问等；
3、实验诊断用房：包括X线、内窥镜、病理、超声等检查室；
4、手术辅助用房：包括洗手间、麻醉间、复苏间、清创间、石膏间等；
5、教学用房：包括手术观察台、闭路电视示教室等；
6、手术用房：包括普通手术间、无菌手术间、层流净化手术间等