一、分离基因组DNA（gDNA） 毫无疑问，高质量的基因组DNA对于基因组文库构建是至关重要的。需要通过经验来选择合适的基因组DNA 分离方法，在分离 过程中保证DNA不被过度剪切或降解，同时也要尽量保证DNA的纯度。

二、处理基因组DNA
根据研究目的，研究者需要选择合适的载体。不同的载体对基因组DNA的长度有不同的要求，必须选择合适长度的基因组DNA来构建基因组文库。比如，对于黏粒载体，合适的片段长度大约为40kb；对于BAC载体，合适的片段长度平均为120kb-300kb。
构建黏粒基因组DNA文库，需要将基因组DNA用注射器抽打来随机剪切DNA；接着用末端修复酶修复DNA，可以提高DNA连接入载体的效率；然后通过脉冲场电泳或者普通电泳来找到40kb左右的DN段，随后使用胶回收试剂盒回收DNA。
构建BAC基因组DNA文库，需要将基因组DNA用限制性内切酶 （常用EcoR I、BamH I或者Hind III）来消化基因组DNA，然后通过脉冲场电泳找到合适长度的DN段（比如100kb-150kb），随后透析回收DNA。
需要注意：
（1）电泳时，要选用合适的DNA Ladder，以保证电泳后可以准确定位所需分子量的DNA。
（2）电泳以后，应尽量缩短用紫外光照射目标DNA的时间，否则会显著降低克隆效率。
（3）回收DNA的时候，应该要避免过度离心，以防止DNA被剪切，降低文库质量。

三、载体的选择
目前，常用的基因组文库载体有黏粒载体、P1噬菌体载体、PAC载体（P1人工染色体）、BAC载体（细菌人工染色体 ）和YAC载体（酵母人工染色体）。选用何种载体可以参考如下几个因素：
1、目标区域的大小：
如果基因组的目标区域很小（小于50kb），那么可以选择黏粒载体甚至λ噬菌体载体。利用现有的商品化的黏粒载体、高效率的包装混合物和合适的大肠杆菌菌株，可以方便的构建黏粒载体文库。
如果基因组的目标区域比较大，那么P1、PAC或者BAC就比较合适了。P1操作比较困难，PAC相对简便。BAC载体也是很好的选择，可以利用现有的成熟产品来构建BAC文库，比如商业化的一系列BAC载体及配套试剂盒。
如果目标区域非常大（大于250kb），那么YAC载体就是首选了。不过，应用YAC载体来构建基因组文库，操作非常繁琐困难。
表1 各种载体的比较