用户在使用时可用提高培养温度的方法将自然环境中的大肠菌群与粪便中的大肠菌群区分，将接种好的样品或装有滤膜的培养基放入生化培养箱时，箱内温度一定要达到所要求的温度（44.5±0.5℃）时，方可放入。如用恒温水浴箱时，其水面要高于接种物面，放滤膜的培养皿要沉到水浴箱底部。
特别需要注意的是加氯水样的处理经氯处理消毒过的水样，水中含有一定量的余氯，使大肠菌群处于受损或受抑制状态，在采集水样时应提前在采样瓶中加硫代硫酸钠，硫代硫酸钠可以脱氯，使受损的细菌得以复苏与修复，从而避免出现计数结果偏低甚至假阴性的现象。此外余氯对滤膜法培养的细菌其抑制作用尤为明显，所以抽滤时应对水样进行大量无菌水稀释，以减少余氯的残留。