制作组织匀浆或细胞悬液，用荧光染料染色，则可以用流式细胞仪计数不同DNA含量或倍数的细胞数。例如，在睾丸组织中，精子细胞为单倍体细胞，精原细胞、Sertoli细胞、Leydig细胞和其他非生精细胞为双倍体细胞，初级精母细胞以及处于分裂期的精原细胞和非生精细胞为四倍体细胞。因此，运用流式细胞仪测定睾丸组织各级生精细胞DNA倍体的变化，可以间接判断不同生精细胞数目相对比例变化的趋势。但是，利用这些结果得出结论时一定要谨慎。例如，单倍体细胞数所占百分比下降可能说明精子细胞数量减少，但以下三种情况也可能引起百分比下降：

一是单倍体细胞数不变，其他倍体细胞数增加；

二是单倍体细胞数增加，其他倍体细胞数也增加而且增加得相对较多；

三是单倍体细胞数减少，其他倍体细胞数也减少，只是减少得相对较少。

与此类似，该百分比不变可能说明精子发生未受到影响，但以下两种情况也可能出现此种结果：单倍体细胞和其他倍体细胞成比例地增加；单倍体细胞和其他倍体细胞 成比例地减少。因此，姑且不论细胞的准确辨认以及组织匀浆过程中细胞粉碎等问题，流式细胞仪估计细胞数至少存在这样一个缺陷：一般只能反映细胞的相对数目比，而不能确定测定的细胞在某感兴趣区域内的总数目是否真的有所增加、减少或不变。