菌种鉴定工作是任何微生物实验时经常会遇到的一项基础性工作。其基本步骤都离不开以下3项：①获得该微生物的纯培养；②测定一些列必要的鉴定指标；③查找权威性的菌种鉴定手册。

不同的微生物往往有自己不同的重点鉴定指标。例如，在鉴定形态特征较丰富、细胞体积较大的真菌等微生物时，常以形态特征为主要指标；在鉴定放线菌和酵母细胞时，往往以形态特征与生理特征兼用；在鉴定形态特征较缺乏的细菌时，则须使用较多的生理、生化和遗传等指标；在鉴定属于非细胞生物类的病毒时，除使用电子显微镜和各种生化、免疫等技术外，还要使用致病性等一些独特的指标和方法。