扫描电镜测试过程中，样品的荷电现象是公认的常见且棘手的问题。当样品表面为零电位时，样品无荷电现象，图像正常。当样品表面为负电位时，样品带负电，图像异常亮。当样品表面为正电位时，样品带正电，图像异常暗。
关于荷电现象的成因，扫描电镜观察的样品对于高能电子束来说，可被看成无穷厚。在电子束轰击样品时，电子束中的高能电子因无法穿透样品而会留在样品中，同时也会在样品中形成散射电子并激发出样品的二次电子等信息。这其中只有一小部分的二次电子及背散射电子将溢出样品表面，被探头接收，成为样品表面形貌像的信号源。
当注入样品电子数与从样品表面逸出的电子数不相等时，就有可能在样品中形成静电场并影响该部位二次电子和背散射电子的正常溢出，样品表面形貌像将出现异常亮、异常暗及表面被磨平这3种现象。在形貌像上所呈现的这种异常现象就是样品的荷电现象。

如果样品的漏电能力很强，且接地很好。这些多余的自由电子就会迁移掉，样品中将不存在电荷堆积的现象，也不存在静电场。此时表面形貌像上将不会产生荷电现象。如果样品的漏电能力较弱，那么自由电子就会在样品局部行程堆积或平均分布在样品的表面，并且在对基础形成强弱不等的静电场，影响该部位及其周边的二次电子甚至是背散射电子的正常溢出。这使表面形貌像的局部或全部叠加出现异常亮、异常暗、表面被磨平这3种异常现象，给形貌造成程度不等的干扰，形成所谓的样品荷电现象。