典型的AKA的荧光模式仅限于上皮角化层较强的线性分层的荧光。所有其他组织学的荧光模式，包括角质层和其他上皮层（角质基底层、角质棘层），对RA均无特异性。由于只有IgG型AKA对RA是特异的，因此需用对IgG高度特异的第二抗体，以提高诊断的特异性。

人表皮是相似于大鼠食管上皮的角化上皮。（在小批量的典型高滴度的血清中以及大批量RA和非RA血清），发现AKA可与人上皮角化层结合。然而，在这些组织基质片也抗表皮细胞角蛋白天然IgG自身抗体结合，这些抗体同时引起角质层和表皮层产生荧光。由于这些天然抗体出现在所有正常或非正常人血清中，其滴度的个体差齑螅訟KA阳性的RA血清在人上皮产生的荧光模式通常要受天然IgG抗体的干扰。故人皮肤不适于作为检测AKA的基质。其他动物的具有角化的鳞状上皮黏膜如鼠舌、兔和猴食管，用RA血清试验发现也适合于检测AKA。尽管如此，由于所有国际文献报道均是以大鼠食管为基质，故仍将大鼠食管作为标准基质。

用大鼠食管蛋白的蛋白质印迹技术检测AKA是可行的。在非变性的条件下，通过聚丙烯酰胺a!／ii电泳（PAGE）可清晰地分离出三种分子。同样条件下，经SDS-PAGE分离得到的碱性脲溶性人表皮丝集蛋白或中性／酸性水溶性同分异构体，都可用于丝集蛋白自身抗体的检测。间接免疫荧光法检测抗大鼠食管蛋白抗原的自身抗体和检测抗丝集蛋白自身抗体是高度一致的。尽管如此，这三种试验结果并不是绝对吻合的。