为防止医院污水输送过程中的污染与危害，在医院必须就地处理。分类指导原则。根据医院性质、规模、污水排放去向和地区差异对医院污水处理进行分类指导。达标与风险控制相结合的原则。全面考虑综合性医院和传染病医院污水达标排放的基本要求，同时加强风险控制意识，从工艺技术、工程建设和监督管理等方面提高应对突发性事件的能力。

四、生态安全原则。有效去除污水中的有毒有害物质，减少处理过程中消毒副产物产生和控制出水中过高余氯，保护生态环境安全。现在执行的《污水综合排放标准》（GB18466-2005），将医院污水按其受纳水体不同的使用功能等规定了相应的粪大肠杆菌群数和余氯标准，对COD、SS等理化指标无特别要求，只需达到要求相对较低的其他排污单位标准，且只给出余氯下限而无上限。

院污水中含有酸、碱、悬浮固体、BOD、COD和动植物油等有毒、有害物质。牙科治疗、洗印和化验等过程产生的污水含有重金属、消毒剂、有机溶剂等，部分具有致癌、致畸或致突变性，危害人体健康并对环境有长远影响。同位素治疗和诊断产生放射性污水。放射性同位素在衰变过程中产生a-、β-和γ-放射性，在人体内积累而危害人体健康。