羟甲基化DNA免疫共沉淀测序(hMeDIP-Seq)

5hmC是新发现的一种的修饰碱基，由TET家族的酶通过氧化5mC产生的。5hmC不仅能够降低MeCP蛋白的甲基化结合结构域(MBD) 与甲基化DNA的亲和性，具有潜在的参与基因表达调控的转录调节功能，而且参与了DNA去甲基化过程。

羟甲基化DNA免疫沉淀测序（Hydroxymethylated DNA Immunoprecipitation Sequencing，hMeDIP-Seq）是通过运用5'-羟甲基胞嘧啶特异性抗体富集羟甲基化的DNA pian段，然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量，快速、高效地寻找羟甲基化区域。可广泛应用于羟甲基化与疾病关系研究以及羟甲基化在胚胎发育过程中的研究。

技术优势：

1、检测范围广：全基因组范围鉴定甲基化修饰区域；

2、针对性强：针对性检测基因组内具有甲基化修饰的区域；

3、成本低：大大降低了测序数据量，测序成本低。

实验策略：

信息分析：

技术参数：

研究案例：

小鼠胚胎干细胞的羟甲基化研究

Wu H,et al. Genome-wide analysis of 5-hydroxymethylcytosine distribution reveals its dual function in tranｓcriptional regulation in mouse embryonic stem cells. Genes Dev. 2011 Apr 1;25(7):679-84.

1、背景：研究证实TET家族蛋白可以催化5mC转化为5hmC。5mC已经被广泛研究，但对5hmC的分布和功能知道的还很少。

2、方法：利用hMeDIP-seq测序技术对小鼠胚胎干细胞的wild-type和Tet1-depleted type的5hmC进行研究。

3、结论：5hmC在转录活性高的基因的gene bodies区域和受到Polycomb抑制的发育调节因子的启动子区域；5hmC可能在基因表达调控中起着激活和抑制的双重功能。

5hmC在全基因组的分布