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APOBEC-coupled epigenetic sequencing （ACE-Seq）
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更新日期：2024/7/31 15:31:44
生 产 地：中国大陆
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详细内容
该技术是一种鉴定5hmC的方法。DNA脱氨酶APOBEC3A(A3A)能够特异地脱去C及5mC的氨基使其变为U，而5hmC则因为不被该酶识别，测序时仍被识别为C。该技术利用该酶的这种特性，特异性地检测基因组上发生的5hmC修饰。ACE-seq原理示意如下：
（1）利用β-葡糖基转移酶（βGT）将5hmC加上葡糖基，转变成5ghmC，5ghmC不会被A3A酶脱氨基。
（2）利用A3A酶特异去除C和5mC的氨基，使其转变成U，而5hmC保持为C，从而将5hmC和C/5mC区分开来。
技术优势：
1、检测范围为全基因组；
2、单碱基分辨率；
3、起始DNA量比常规的oxBS技术降低100倍；
4、高准确性。
信息分析：
技术参数：
研究案例：
开发了ACE-Seq技术并利用ACE-Seq探究小鼠脑部神经细胞5mC及5hmC的特征及作用
Nondestructive, base-resolution sequencing of 5-hydroxymethylcytosine using a DNA deaminase
1、背景：
传统的鉴定5hmC的技术需要运用化学试剂进行转化，会破坏基因组DNA，且需要的DNA起始量较大。建立一种非破坏性的、低起始DNA量的鉴定5hmC的技术有助于加快加深5hmC的研究。
2、方法：
利用DNA脱氨酶APOBEC3A(A3A)特异性脱去C及5mC的氨基使其转变成U的特性，建立了一种新型的鉴定基因组上的5hmC修饰的技术，并将该技术结合BS-Seq技术，研究了小鼠脑部神经细胞5mC及5hmC的特征及作用。
3、结论：
分析了小鼠脑部神经细胞5mC及5hmC在不同基因元件的水平；
探究了小鼠脑部神经细胞5mC及5hmC的异质性。
探究了5mC及5hmC在小鼠脑部神经细胞中的作用。
